研究業績・発信

口腔粘膜の横断メチロームから、PACE-like老化速度指標を構築

A Pseudo-Longitudinal Methylome Projection Framework Defines a Buccal PACE-like Aging-Rate Score from Cross-Sectional DNA Methylation Data

Shoji T, Nakaki R.
bioRxiv

探索的な組織特異的指標の研究。血液由来DunedinPACEの代替を保証するものではありません。

MSAのDNAメチル化による、日本人の生物学的年齢・血液指標の予測

Prediction of biological age and blood biomarkers from DNA methylation profiles measured by the methylation screening array: development and validation of models on Japanese data

Shoji T, Tomo Y, Nakaki R.
Epigenetics Reports 4(1):2715974

従来掲載のbioRxiv版から、査読誌掲載版に更新しました。

口腔粘膜のDNAメチル化から、生物学的年齢・臨床指標を予測

Predicting Biological Age and Clinical Biomarkers from DNA Methylation Profiles of Cheek Mucosa

Shoji T, Tomo Y, Nakaki R.
bioRxiv

低侵襲な組織を使ったモデル開発の研究です。

時間エントロピーに着目した精神疾患の横断分類

Dynamical instability measured by temporal entropy improves psychiatric classification across cohorts

Shoji T, Nakaki R.
bioRxiv

横断解析の研究です。個人の診断や、症状のリアルタイム測定を可能にした成果ではありません。

日本人集団における生活習慣と複数のエピジェネティック老化指標の関連

Comprehensive Evaluation of Associations between Lifestyle Factors and Multiple Epigenetic Aging Indicators in the Japanese Population: A Cross-Sectional Study

Shoji T, Yoshikawa G, Hibino S, Yamada H, Nakaki R.
medRxiv

横断研究であり、生活習慣の変更による効果を直接示すものではありません。

EPICv2とMSAの間でのエピジェネティック年齢の較正

Cross-Platform Calibration of Epigenetic Age Between the EPICv2 and MSA Arrays

Tomo Y, Shoji T, Nakaki R.
bioRxiv

測定プラットフォーム間の差を扱う研究です。

RNA-Seqを塩基配列の特徴から捉えるq-mer解析

q-mer analysis: a generalized method for analyzing RNA-Seq data

Shoji T, Sato Y.
Journal of Bioinformatics and Systems Biology 6:60–73

従来の2021年プレプリント表記から、2023年の掲載論文に更新しました。

欠測パターンを利用したICU死亡リスク予測

Prediction of intensive care unit mortality based on missing events

Shoji T, Yonekura H, Sato Y, Kawasaki Y.
Archives of Clinical and Biomedical Research 5:344–367

肺炎球菌のrRNA修飾とリボソーム停滞・プロテオーム構成

Methylation of 23S rRNA G748 and the ribosomal protein L22 Lys-94 are critical factors for maintaining the association between ribosome stalling and proteome composition in Streptococcus pneumoniae

Shoji T.
Journal of Genetics and Genomic Sciences 6:026

肺炎球菌のRibo-seqによるrRNA修飾の役割の解析

Ribosome profiling in Streptococcus pneumoniae reveals the role of methylation of 23S rRNA nucleotide G748 on ribosome stalling

Shoji T, Takaya A, Kusuya Y, Takahashi H, Kawashima H.
Journal of Genetics and Genomic Sciences 6:024

黄色ブドウ球菌の表皮定着とアトピー性皮膚炎

Staphylococcus Agr virulence is critical for epidermal colonization and associates with atopic dermatitis development

Nakamura Y, Takahashi H, Takaya A, Inoue Y, Katayama Y, Kusuya Y, Shoji T, et al.
Science Translational Medicine 12(551)

メダカにおけるアルキル化剤誘発性ヘテロ接合性消失とRev1

Involvement of Rev1 in alkylating agent-induced loss of heterozygosity in Oryzias latipes

Fujikawa Y, Ishikawa-Fujiwara T, Kuo T, Shinkai N, Shoji T, Kawasaki T, et al.
Genes to Cells 25(2):124–138

2つのrRNAメチル化の相互作用と抗菌薬感受性

RlmCD-mediated U747 methylation promotes efficient G748 methylation by methyltransferase RlmAII in 23S rRNA in Streptococcus pneumoniae; interplay between two rRNA methylations responsible for telithromycin susceptibility

Shoji T, Takaya A, Sato Y, Kimura S, Suzuki T, Yamamoto T.
Nucleic Acids Research 43(18):8964–8972

rRNA修飾による肺炎球菌の抗菌薬感受性

Methylation of 23S rRNA nucleotide G748 by RlmAII methyltransferase renders Streptococcus pneumoniae telithromycin susceptible

Takaya A, Sato Y, Shoji T, Yamamoto T.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy 57(8):3789–3796